對于莧菜根的處理方法，去除一部分保留一部分，帶須根下面的部分要去掉，然后上面的部分保留。如果遇到莧菜根過老的現象，可以將老根的表皮剝掉然后保留嫩莖的部分食用。

莧菜根部含有蛋白質、鈣鐵等微量元素，具有收斂止瀉的作用。中藥醫學上，對于莧菜根有治療尿道炎、陰部發冷、便血及跌打損傷等藥用價值。